El principal problema de los cereales es su refinado. Consumidos en formas refinadas (harina blanca, arroz blanco, pasta blanca, pan blanco, cuscús, etc.), tienen una alta carga glucémica, lo que significa que para la misma porción que su versión no refinada, elevan el nivel de azúcares e insulina en la sangre, aumentando el riesgo de aumento de peso, diabetes tipo 2, ciertos cánceres y enfermedades cardiovasculares. Al elegir los granos enteros en lugar de los cereales refinados han reducido estos riesgos. La mayoría de los cereales contienen gluten (trigo, cebada, centeno, escanda, kamut, triticale). Además del 1% de la población que sufre de alergia al gluten (enfermedad celíaca), una proporción desconocida de personas sufre de sensibilidad al gluten no celíaco. Además de los síntomas digestivos, estas personas tienen manifestaciones extra-digestivas de intolerancia como dolores de cabeza, confusión, dolor articular, entumecimiento de las piernas, brazos, dedos, etc. Para estas personas, los cereales que contienen gluten deben ser eliminados durante un período de prueba para validar si el gluten está causando daño o no.